Действия происходят во втором сезоне.Оказывается когда Сасори чуть не убили он подменил своё тело на марионетку,а сам скрылся в организацию.Хидан и Какудзу тоже живы потому что в бою успели сделать странных клонов ака копий себя.Дейдара после битвы с Саске тоже оказался в живых,потому что успел подменить себя на клона.Орочимару вернул своё тело.Саске,Джуго,Карин и Суйгецу в организации Акацуки и помогают ловить девятихвостых.В Конохе всё спокойно.Шиноби тренируются,выполняют миссии.В Суне всё тихо.Ходят слухи что акацуки скоро принесут большой урон всем.В Кири повысилась туманность,но это не мешает жителям что-либо делать.В Аме всё также идут дожди.Нагато задумывает новые каварства.Остальное всё в ваших руках...